Pimpinan Pesantren atau Kiai mengajukan permohon an izin pendirian satuan pendidikan pengkajian kitab  kuning  secara tertulis kepada Direktur Jenderal Pendidi kan Islam dengan melampirkan dokumen persyaratan, dalam bentuk  berkas  digital dan disampaikan melalui aplikasi pengajuan yang ditetapkan oleh Direktur  Pesantren  berupa:

1. data isian yang sekurangnya memuat: Nomor Statistik Pesantren; nama Pesantren; alamat Pesantren; tahun terbit PSP; nama satuan pendidikan  pengkajian  kitab kuning; jenjang  satuan pendidikan pengkajian  kitab kuning; jumlah  pendidik dan tenaga kependidikan; dan jumlah santri mukim.
2. rekomendasi  kepala   Kantor   Kementerian   Agama Kabupaten / Kota dan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi  sesuai lokasi domisili Pesantren,  serta rekomendasi dari   organisasi / forum/ asosiasi  yang  menaungi pengkajian kitab kuning j ika ada;
3. akta notaris yang disahkan oleh kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang hukum;
4. Piagam Statistik Pesantren (PSP);
5. denah lokasi;
6. struktur organisasi pengelola Pesantren;
7. rencana kurikulum pembelajaran yang terdiri dari kurikulum pesantren dan kurikulum pendidikan umum;
8. daftar nama pendidik dan tenaga kependidikan yang sekurangnya memuat daftar nama 5 (lima) orang pendidik dan 2 (dua) orang tenaga kependidikan berikut penugasannya;
9. daftar sarana dan prasarana kegiatan pembelajaran yang berada di dalam Pesantren sekurangnya memuat: jumlah ruang kelas, jumlah ruang pimpinan, jumlah ruang pendidik, jumlah ruang tata usaha, dan jumlah ruang perpustakaan.
10. rencana sumber pendanaan untuk kelangsungan pendidikan paling sedikit untuk  1 (satu) tahun ajaran berikutnya;
11. rencana kalender pendidikan yang memuat: jadwal pembelajarn, evaluasi berkala, Jian; kegiatan ekstra kurikuler; dan hari libur. 
12. sistem evaluasi pendidikan; dan
13. daftar santri mukim , yaitu santri yang bermukim di Pesantren paling sedikit 25 (dua puluh lima) orang.